咖啡碱是茶叶中的主要嘌呤碱，是构成茶汤的重要滋味物质，与普洱茶品质呈正相关，相关系数为O．879。生普洱茶的咖啡碱含量在干湿仓的贮存过程中变化趋势相反。
干仓中呈减少趋势，分别由贮存前的3．36％(生散茶即晒青茶)、3．23％(生饼茶即晒青茶蒸压而成的普洱青饼)减至2年期的3．28％和3．13％；
而其在湿仓中则呈现波动性的增加，至2年期时分别增至3．98％和3．91％，增幅达6．55％、21．05％，这与渥堆发酵熟普洱茶加工过程中的咖啡碱含量增加相似。
经渥堆发酵的熟普洱茶，不论在干仓贮存还是在湿仓中贮存，其咖啡碱含量均呈波动性增加，由贮存前的3．63％(熟散茶)、3．53％(熟饼茶)分别增至2年期的3．78％(干仓熟普洱散茶)、3．87％(湿仓熟普洱散茶)和3．96％(干仓熟普洱饼茶)、3．76％(湿仓熟普洱饼茶)。
这具体的增加机理尚不清楚，还有待于进一步的研究，但这似乎在暗示着茶叶长期含有高水分进而有相关的微生物繁衍后，就能促进茶叶中咖啡碱的合成及其量的增加，并且这一反应还可在后续水分较少的情况下得以保持。
这就是经渥堆发酵或生普洱茶经湿仓贮存陈化而成的熟普洱茶，其茶汤有较明显苦味的原因所在。
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